来源:《中国农业科学》2019年第12期  作者:向杰;陈敬师;夏鑫鑫;刘快;李世贵;顾金刚;
选择字号

基于转录-代谢联合分析哈茨木霉ACCC32527对NaCl胁迫的分子调节

收藏本文  分享

【目的】通过NaCl胁迫下哈茨木霉(Trichoderma harzianum)ACCC32527差异转录组和代谢组数据分析,挖掘关键功能型差异表达基因(DEG)及次级代谢产物。【方法】采用RNA-seq和GC-TOF-MS技术分别完成0(T1)、0.4(T2)、0.6(T3)mol·L~(-1) NaCl胁迫下哈茨木霉ACCC32527的差异表达基因和次级代谢产物检测,利用相关软件及数据库(GO、COG、KEGG pathway等)完成对差异表达基因(|log_2fold change)|>1&FDR<0.01)和次级代谢产物(P-value≤0.05&VIP>1)的筛选、注释和分类,并进行RT-qPCR验证。【结果】NaCl胁迫处理后,ACCC32527的生长受到抑制,繁殖速率明显降低,并在该条件下分别获得T1 vs T2和T1 vs T3比较组637、1 570个DEG,获得DEG的16种表达模式,包括9种上调表达模式(950 gene)、3种下调表达模式(662 gene)和4种不规则表达模式(309 gene),共有的GO功能分类为催化活性、结合、细胞器、细胞膜部分、细胞膜、(本文共计13页)......[继续阅读本文]

下载阅读本文订阅本刊

图书推荐

    相关文章推荐

    看看这些杂志对你有没有帮助...

    更多杂志>>