来源:《中华肿瘤防治杂志》2020年第07期  作者:胡珊;黄奔;姜扬;黄亚慧;徐静侠;顾锋;
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基于lncRNA-miRNA-mRNA调节网络胃癌关键基因筛选与分析

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目的胃癌的分子发病机制与预后仍是亟待解决的难题。本研究通过癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库筛选出在胃癌中表达失调的基因,构建长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)-微小RNA(microRNA,miRNA)-信使RNA(mRNA)调节网络,寻找并分析网络中与胃癌患者预后相关的关键调控基因,为胃癌提供新型分子标志物。方法从TCGA官方网站中下载胃癌RNA测序数据和临床数据,使用R软件edgeR包分析胃癌中差异表达的lncRNA、miRNA和mRNA,构建差异lncRNA-miRNA-mRNA调控网络。使用R软件中的survival包对调控网络中的基因进行分析,寻找与胃癌预后相关的关键基因。使用Kaplan Meier-plotter在线数据库分析这些关键基因的预后作用。结果共有62个lncRNA、10个miRNA和10个mRNA分子参与调控网络的构建。Kaplan-Meier生存分析显示,2个mRNA(ATAD2、SERPINE1),10个lncRNA(AC018781.1、ADAMTS9-AS1、ADAM(本文共计8页)......[继续阅读本文]

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